Windows 2000 Professional은 가장 많이 사용하는 Win32 기반 업무 프로그램을 포함하여 Windows 95 및 Windows 98 응용 프로그램 대부분을 지원합니다. 또한 하드웨어를 직접 액세스하는 프로그램을 제외한 MS-DOS 기반 프로그램들도 지원합니다.